使用者は、労働者が年次有給休暇を取った期間については、賃金を支払わなければならないとされていますが、これには次の通り3通りの方法があります。

①「平均賃金」を支払う方法…その労働者の過去３箇月分の賃金を平均して算定される賃金を支払うとするものです。就業規則等に定めておく必要があります。

②所定労働時間労働した場合に支払われる「通常の賃金」を支払う方法…通常の賃金とは、臨時に支払われた賃金や時間外手当等を除くものです。就業規則等に定めておく必要があります。

③「標準報酬日額（健康保険法３条）に相当する金額」を支払う方法…労使協定が必要ですが、行政官庁に対する届出は必要ありません。

また、パートタイマーに対する年次有給休暇の手当は、その労働者の１日分、すなわち１日の労働時間が４時間であれば、４時間分の手当となります。

※使用者が労働者に対し年次有給休暇の手当を支払わなかった場合、労働者の請求により、裁判所から使用者が支払うべき未払年次有給休暇の手当の他、これと同一額の付加金の支払いを命じられることがあります。